一九九七年，也就是丸山真男去世一年后，与丸山有过三十多年学术交集却后悔当年未能有意识与之对话的石田雄，整理出版了一部丸山的遗作—《战中备忘录》。在“解说”中，石田试图通过丸山对自己特殊经历的回忆，来深入了解这位政治学家的内心世界和学术背景。为此石田重描了丸山的两次军旅生涯，即一九四四至一九四五年的军队服役过程。正因为丸山同时拥有过普通内务班和司令部情报班这两种生活体验，他才能从上到下地了解和掌握帝国陆军的整体结构。又由于丸山声称其军队经历“是无法替代的珍贵体验”，于是石田推断，退役后，丸山当全面运用了他的两次军队体验，即半年后，当被注入主权在民、放弃战争内容的《新宪法草案要纲》刚刚出台时，他便完成了《超国家主义的逻辑与心理》一文。石田认为，这刚好是形成于他军队生涯的最后体验基础上的;而透过“战争原本是手段，但已经失去了作为手段的意义”等讲法，石田还进一步推测说：“丸山写到这里时，脑中浮现出的无疑是一九四五年八月原爆的情景。”

事实上，石田所读到的，只是一篇仅四千字（日文）的浓缩版报道〔《二十四年目に語る被爆体験：東大教授丸山真男氏（当時一等兵）の「思想と行動」》〕。可当该报道的原型，即采访者林立雄对丸山真男的口语式采访记录被原貌收入二00八年版的《丸山真男话文集》时，人们才发现，这篇日语原文达一万七千余字的原稿，竟披露出那么多之前鲜为人知的细节〔丸山真男：《二十四年目に語る被爆体験》，林立雄（聞き手）取材，丸山真男手帖の会編：《丸山真男話文集》一〕。而且，接受采访时丸山本人的兴奋程度，超乎常人想象。一九六九年八月三日下午，林立雄来到位于东京的一家医院，现场采访了肝病治疗中的丸山。开始时，丸山是躺在病榻上的。可当话到兴头时，他突然半身起坐，特别当讲到原爆后一直被他保留在身边的那些照片时，丸山整个人都站了起来，医生所规定的一小时采访时间也被延迟至两小时。

相关记载显示，丸山确曾说过原爆与学术研究的关系问题。他明确讲：“我谈过战争，但没有论及过原爆。我见闻过躺在司令部前面的尸体和凄惨的哀鸣。尽管如此，这件事或许只被我放入了头脑里，或者收进了潜意识中，连我自己也不明白为什么会是这样。总之，直到比基尼岛发生核辐射之前，我都没有对原爆进行过深入的思考。这是我需要做出的一个忏悔。”林立雄的采访，还记下了事情的经过和细节：“问：您在广岛待到什么时候？丸山：九月中旬，确切地说，是九月中旬过后。总而言之，那时已乱成一片，先是苏联参战，接着就是八月十五日了。还有就是武器引渡等一个个大事件纷至沓来，忙得昏天黑地。正因为如此，我在忏悔，自己为什么没有对原爆的意义做过一些更深入的思考呢？当然有各种各样的原因，但其中之一，仍是与原爆同时到来的日本败降、美军登陆以及日本今后该怎么办等一系列大事有关，正因为这些大事都集中在了一起，我的注意力，也就被这些事情给彻底分散掉了。比方说，原爆与我个人密切相关的一点……就是八月十五日那天，因战争结束我感到自己已经获救。当然，美军登陆后，我也想到过要与之抗争到底，但毕竟，我的感觉仍然是自己获救了。还有一个重要原因，就是这之后第三天，我接到了一封电报，上面写着：‘母亲病故葬礼已妥善料理父親。’（母亲的忌日为十五日）一瞬间，我那点战后的喜悦，竟被一吹而散！因为这意味着，我即使回到东京，也不可能再见到母亲了，真是名副其实的死别啊。现在想起来，带着这份悲伤，我自然也无暇去更多考虑原爆问题本身了。”不仅如此，丸山还谈到过所谓“失忆”问题：“我那天（指原爆当日—引者注）都干了什么，几乎全没有了记忆”，“后来，在我回忆接下来一周所发生的事情时，八月六日那天我都做了什么，真的是完全记不住了。仿佛悲惨的广场已整个被掩埋—这一情景，已成了我的最后记忆—我失忆了”。

这些不啻为对“忏悔”原因的补充说明，使他在面对其他提问时也只能给出不太令问方满意的回答：“问：您现在是如何思考的呢？原爆体验对于您的思想形成具有怎样的意义呢？丸山：这一点嘛，有人硬要做出意义附会甚至编造事实我也没有办法，不过他们倒一直希望这种说法能在我这里发酵。可除了能让这些积存起来的东西发酵外，却并未发生真正的问题。”当被问起以下个案时，他也只能给出模糊的回答：“问：先生遭遇原爆的事，海外的朋友可曾知道？此事在大作《现代政治的思想与行动》的英文版（O x f o r dUniversity Press， 1963）作者介绍中被提及过。丸山：从（编辑部加注的）书皮上看，似乎都写着呢。居然能写到书皮上，这是我没有想到的。但对方讲，是部长写上的。在短短的数行介绍文字里竟特别写上我的被爆者身份，书出版后着实让我吃了一惊。”

实际上，早在广岛原爆前四年，丸山即已通过苏联的一个报道知道了战争的结果并对此深信不疑：“《真理报》曾预言，（四一年）十二月八日的‘那场战争，日本必败’！”尽管如此，他仍未想到美国人会用杀伤力如此巨大的武器来结束这场战争。面对日本所遭受的史上第一次也可能是人类最后一次的核打击，丸山的心情是复杂的，情绪也不能自持。