庆应二年（1866）正月二十一日，距木户孝允正月八日抵达京都已过去了十多天，虽然萨摩藩每天热情款待，其高层也多次前来会谈，但双方主张始终如平行线，木户心中不免焦虑。他深知长州正面临再次被幕府征伐的危机，自己屏退藩中异议上京与素来被视为仇敌的萨摩藩会谈，必须带回有说服力的成果。京都是再熟悉不过的地方，他曾奔走在这个古都的大街小巷。只不过现在身为通缉犯，只能隐身于萨摩家老（家老，辅佐藩主施行藩政的藩内重臣，每藩有家老数名，因各藩情况数目不等）小松带刀宅邸。在正月京都的湿冷天气中，他数次回顾自身及长州藩所走过的艰难历程，告诫自己这次一定要耐心、绝不退却。

幕末动荡中的京都

木户本非出身武家，8岁时被藩士桂孝古收为养子，改姓桂，通称小五郎，由此得以接受武家教育。他曾先后在藩校明伦馆受教于吉田松阴，在江户学习剑道、洋式兵学。那是一段颇为安稳的岁月，他一直在努力，希望能成长为一名真正的武士。

然而，一切在嘉永六年（1853）开始发生变化，他亲眼看到庞大的美国机械铁甲舰停留在江户湾，巨大的危机感搅动了自上而下的整个政局。在孝明天皇发出攘夷号召后，京都成为攘夷、尊皇、开国、武备等各种主张激烈碰撞以及怀有不同政治目的的各势力轮番角力的舞台。他个人及长州都参与其中，如笨拙、僵硬但又执着的舞者，左冲右突，不断碰壁，其间还夹杂残酷的内部斗争。木户几乎是长州在京都这个舞台上所有重大剧目的参演者。

他28岁时从江户回到长州，看到藩内将长井雅乐的“航海远略策”定为藩论，长州藩为接近朝廷和幕府做了种种努力，但始终未能进入幕政核心；同时，亲幕政策却引发藩内尊皇攘夷派的激烈反对。当时的木户也主张尊皇攘夷，支持周布政之助推翻长井之说，确立了尊皇攘夷（简称尊攘）的藩论。自此，长州更多将眼光看向朝廷，并一度取得朝廷信任。木户30岁时上京，负责本藩和朝廷、其他藩的联络事宜及情报收集工作，开始活跃于京都舞台。

但当幕府开始拉拢朝廷时，长州藩终成棋局中的弃子，在文久三年（1863）八月被支持幕府的萨摩、会津等藩联合以武力赶离京都。进而，在新选组等组织的捕杀下，尊攘派在京都的活动空间被极度压缩。元治元年（1864）长州试图复权的武装政变“禁门之变”再次以惨败告终。经过这些动荡，长州尊攘派的核心人物几近覆灭，长州藩本身也被定性为朝敌，成为幕府征伐的对象，史称“第一次长州征伐”。

木户每次忆及那些逝去的同伴，都会感到深切的痛苦和悔恨。他几次和同伴们一样身处险境，均凭借机智及擅长乔装而侥幸逃脱，也因此坊间有“逃跑的小五郎”之恶名流传。“禁门之变”后，因被通缉，风声渐紧，他逃离京都后以小商人身份藏身但马出石（今兵库县丰冈市出石町）。一年多后几松历尽艰辛找到出石时，木户在政治上已心灰意冷，在几松不懈劝说下才回到长州，改名木户贯治，重回藩政核心。

此次面对幕府准备再次征长，他深感该是自己继那些逝去的同伴之后做出牺牲了，他和长州藩没有退路，唯有置之死地而后生。