“牛顿晚年沉迷炼金术”之说是一个误解。牛顿确实收集了许多炼金术的资料，写下了许多与炼金术有关的手稿，做了许多炼金术士曾经做过的实验，但他所沉迷的，并非是点石成金的欲望，也非长生不老的魔法，而是试图在冗繁的炼金术资料中，找到与自己的科学假说相契合的科学证据。

牛顿与炼金术之间的关系，在他生前并不为大众所知。原因是他留下的与炼金术有关的手稿在长达两百余年的时间里，并没有被公之于世。

1727年，牛顿去世。他的亲属收集整理了他住宅中的所有论文与手稿。为了维护牛顿的历史形象，将与炼金术有关的手稿定性为“不宜发表”尘封起来。

1936年，包括与炼金术有关的手稿在内的这批文件，被拿到英国索斯比拍卖行分成322份公开拍卖，共计拍得约一万英镑。

稍后，这些与炼金术相关的手稿（还包括不少牛顿传记资料）被英国经济学家凯恩斯聚拢到了自己手中。依据这些手稿，凯恩斯写成文章《牛顿其人》，称牛顿“不是理性时代的第一人，而是最后一位魔法师”。这篇文章被收录进英国皇家学会1946年出版的《牛顿诞辰300周年文集》。牛顿与炼金术之间的关系，由此形成了一个重要的科学史话题。

依据世界由土、气、水、火四元素构成的古老理论，炼金术士们相信只要找到正确的方法，就可以将一种物质变成另一种物质。这种努力主要集中在两个方向：找到一种可以将铁、铅等贱金属转变为黄金、白银等贵金属的东西；提炼出一种可以使人长生不老、青春永驻的物质。

早在17世纪60年代，牛顿已读过当时伦敦有名的炼金术士乔治·斯塔基的著作。1670年前后，他开始大量阅读炼金术资料，并编写了索引，对从炼金术著作中收集到的术语与表述实施分组——虽然几乎所有炼金术士都声称自己掌握了炼金术，但他们全部对配方秘而不宣，且使用的术语也各不相同。牛顿对炼金术的实验研究至少持续到1696年（资料研究则持续到去世）——那一年，他离开了剑桥，前往英国皇家造币厂担任督办。