顾炎武《日知录》一书被称为考据学之开山，为明清学术之转关，影响巨大，自不待言。

《日知录》是顾炎武在一个相当长的时期内，不断抄录、增补、评断、分类、截取、誊写、传抄的累积成果。《日知录》在形态上有稿本、抄本、刻本之别；在篇卷上有八卷本、三十二卷本之别；在文本上有删改本、节选本、集释本之别。总括《日知录》一书的版本渊源，依次经历了顾炎武稿本、符山堂八卷刻本、三十二卷清抄本、遂初堂三十二卷刻本、四库全书本、黄汝成西溪草庐集释本，大约六种形态。

《日知录》的八卷本稿本，其卷次、條目和文字内容与后来各本多有不同，是顾炎武生前随时与学友切磋交流的未定本。

《日知录》的八卷刻本，是顾炎武在友人张弨的帮助下，先以一部分质之同志的征求意见本，于康熙九年（１６７０）由张弨符山堂刊刻，而由顾炎武本人出资，实际上是顾炎武的自刻本。八卷刻本有早印本与再印本两种版本，其中再印本已收入《中华再造善本》扫描出版。

顾炎武生前，《日知录》已编订为三十余卷的规模，基本定稿，但未付印。顾炎武卒后，嗣子顾衍生将遗稿存徐乾学、徐元文处。遗稿原件已佚，雍正间有抄本流传。迄今，确定的传抄本有上海杨氏枫江书屋所藏清抄本、杭州范氏净琉璃室所藏清抄本、北京大学图书馆所藏清抄本，共三部，均为完整的三十二卷。

康熙三十四年（１６９５），顾炎武门弟子潘耒由徐乾学处取出遗稿，重新编次，并加删削，成《日知录》三十二卷，以遂初堂之名，在福建建阳刊刻。遂初堂刻本至少有两种印本，并且又有熊赐履经义斋依照遂初堂本行格刊刻的翻刻本。其后各种《日知录》刊本多祖此本。原刻尚存，但多年以来未有影印本，学者其实不易看到。

乾隆间，四库全书开馆，收入《日知录》三十二卷，其底本“内府藏本”只能是潘刻本。二十世纪五十年代，河南省图书馆由民间采购获得馆臣删改《日知录》散页计四十二页，２０００年由中华全国图书馆文献缩微复制中心影印出版，题为《〈日知录〉文渊阁本抽毁余稿》。“抽毁余稿”保存了四库全书的编纂过程，但散页上的圈删标记并未全被四库全书本《日知录》所接受，二者可以对读。

稍后至道光十四年（１８３４），黄汝成西溪草庐刊刻《日知录集释》三十二卷，集注此前九十余家校勘，附刻刊误四卷，成就最著。其后集释本反复重刊，流布之广超过了潘耒初刻本。潘承弼《日知录补校（附版本考略）》甚至认为“自潘刻行而八卷本废，《集释》继起，举世推重，而潘刻又废”。但在《日知录》原文方面，集释本仍只是沿用了遂初堂本的文本。

《日知录》的清抄本和遂初堂初刻本均源于顾炎武的遗稿，四库全书本和《日知录集释》则源于遂初堂刻本，但遂初堂刻本、四库全书本、集释本均经过编者的删削和校勘，因此形成了各自独立的形态。有学者认为，《日知录》的刻本有三个系统：一为顾炎武自刻八卷本，一为潘耒遂初堂本，一为黄汝成集释本，又认为遂初堂本“最接近顾炎武《日知录》之原貌”。所谓“三个系统”之说仅限于刊刻本，未将顾炎武稿本、清抄本、四库全书本等考虑在内，显然失于狭隘。实则《日知录》一书具有顾炎武原稿本、清抄本、符山堂八卷刻本、遂初堂三十二卷刻本、四库全书官修抄本、黄汝成集释本，至少六种形态。

《日知录》成于清初，虽然历时未久，但是版本流传十分复杂。各种版本中，由顾炎武本人定稿的三十二卷本的原本的清初抄写本，未经潘耒和四库馆臣删改，具有特殊重要意义。比对抄本乃知，流传已久的遂初堂刻本被潘耒删去“素夷狄行乎夷狄”“胡服”“李贽”“钟惺”四条。《〈日知录〉文渊阁本抽毁余稿》及文渊阁四库全书本目录均无此四条，可知四库馆臣实未见此四条。但四库馆臣进而又删去“左衽”“三韩”“夷狄”“徙戎”“胡咙”“胡”六条，总计十条，均赖清抄本保存原貌。

清抄本《日知录》的发现和流传始于张继、章太炎、黄侃三人。１９３２年张继于北平购得雍正间抄本《日知录》，交章太炎弟子黄侃鉴定，发现与通行刻本大有不同，遂写出《日知录校记》，刊之于世，广为人知。但抄本《日知录》原书并未公开，张继去世后，其夫人崔震华将抄本带往台湾，至１９５８年，徐文珊将抄本整理点校，铅排出版，题为《原抄本日知录》。抄本《日知录》的发现和整理出版，可谓二十世纪三十年代至五十年代间《日知录》最重要的研究成果。

这部张继旧藏清抄本《日知录》的原貌，据当日目验此书者章太炎、黄侃的描述，有若干特征：

章太炎的描述：

（一）抄本内容：其缺不书者故在，又多出“胡服”一条，纚纚千余言。

（二）避讳情况：其书“明”则曰“本朝”，涉明讳者则用之字。

（三）批校字迹：丹黄杂施，不可摄影以示学者（指黑白照相制版）。

黄侃的描述：

（一）抄本内容：今本所刊落有全章、有全节、有数行，自余删句换字，不可遽数。

（二）避讳情况：抄者避清讳至“胤”字而止，盖雍正时人也。

（三）批校字迹：书中有朱笔、蓝笔评校。

（四）题签：其题签云“何义门批校精抄本”。