始皇统一中国后，在始皇三十四年（前213），他接受丞相李斯的建议，在全国范围内，大规模地焚毁书籍。据《史记·秦始皇本纪》记载：当时焚书的范围及违抗诏令的惩罚是：

史官非秦记皆烧之，非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之；有敢偶语《诗》《书》者弃市；以古非今者族；吏见之不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药、卜筮、种树之书，若欲有学法令，以吏为师。

这便是历史上遭到千古非议的“焚书令”。它的大意是，凡史官掌管的不是秦国记录的历史文献全部焚毁，不是博士官所职掌，天下有敢收藏《诗》《书》和诸子百家著作的，都要交给地方长官一起烧掉；有敢在一起谈论《诗》《书》的在市面上处死；借古非今的满门抄斩；基层官吏如果闻见谁家有藏书而不举报，以同罪论处。命令下达30天仍不烧毁藏书的，面部刺上罪犯字样，发配边疆，白天防寇，夜晚守城。所不烧毁的，只有医药、占卜、种植之类的书籍，如果有人想要学习法令，就拜官吏为师。这道“焚书令”，使秦朝的官、私藏书事业遭受一次浩劫。

秦令虽然严苛，但是一些有信仰的士人，尤其是孔子的后人，他们誓与自己的藏书生死与共，不畏强权，勇敢巧妙地进行抗争。秦始皇“焚书令”颁布后，全国的藏书家迫于无奈，纷纷上缴或烧毁自己的藏书，而孔子的八代孙孔鲋（约前264—前208）和孔腾（生卒年不详）兄弟俩，为了赓续儒家文化、保护心爱的藏书，他们舍生冒死，在自己的宅院筑起了一道夹壁墙，将许多用古文字（即先秦文字，一称蝌蚪文）写的经书，藏于其中。《资治通鉴》卷七《秦纪二》记道：

魏人陈馀谓孔鲋曰：“秦将灭先王之籍，而子为书籍之主，其危哉！”子鱼（孔鲋字）曰：“吾为无用之学，知吾者惟友。秦非吾友，吾何危哉！吾将藏之以待其求；求至，无患矣。”

这段文言大意是，魏国人陈馀对孔鲋说：“秦廷将要烧毁先王的书籍，你拥有藏书，现在很危险。”孔鲋回答说：“现在看来，我钻研的学问对国家没有什么用处，与我志同道合者才是我的朋友。秦君和我主张不同，我缄默不语就是了，哪有什么危险！我把书籍收藏好，等待启用我的人。我的时机一旦到来，我和我的藏书也就安全了。”他们把爱籍藏好，孔鲋不久就去投奔陈胜起义军了，后来随陈胜战死。

孔腾是孔鲋的胞弟，他和兄长藏完书籍后，没有逃离家乡，而是守在家中，静观其变。没有想到，汉高祖刘邦很快就灭亡了秦朝和西楚霸王，建立了西汉政权，他受儒者叔孙通和陆贾的影响，觉得儒家学说可以尊君、人和、上下有序、礼仪有规、稳定政权，于是他在经过孔子家乡时，以最高规格的礼仪太牢祭祀了孔子，并封孔腾为奉祀君，这是中国历史上第一位皇帝的尊孔活动，拉开了尊孔的序幕。汉惠帝时，孔腾成为政府备顾问的博士官，后来又做了长沙太守。孔氏兄弟以一介书生，遭遇秦始皇“焚书灭学”，不惧生死，壁藏心爱之书，为先秦典籍与儒家经书后来在社会上传播，留存下了宝贵的“书种”。

无独有偶，与此同时，又有济南（今山东章丘南）人伏生 （约前268—约前178）名胜，字子贱，为了躲避秦火，也把自己的书籍藏于墙内，看来当时只能如此。