在传统农业和家庭经营条件下，分散小农户的农业生产主要用于维系生计的自给自足，少量用于出售的也主要为初级农产品。初级农产品的加工、销售会产生丰厚的利润，但是这些环节一直以来都与农户、农村关联性不强，主要利润被加工企业、中间商和零售商赚取。农民合作社通过共同投资、分享资源、共建品牌等方式，对初级农产品进行统一加工、储藏、运输和销售，可以将这些中间环节的利润更多地留在农村，再通过社员之间的利益分享机制让所有社员平等分享利润，从而增加农民收入。

区别于其他行业，农业生产和经营更加紧密地依赖于自然环境，也最容易受到自然的影响，农业是自然风险最大最集中的行业。除了自然风险，农业生产的周期性和农产品的易腐不耐储性造成农产品供给对市场价格的反应滞后，市场供需平衡难以实现，而农产品市场信息的不充分和不对称进一步加剧了市场风险。农民合作社通过与相应农产品交易市场联系，可以将市场信息及时反馈给农户，引导农户合理开展农业生产，促进农业区域化布局，提高农产品的异质性，并以其自身优势提高产品的议价能力从而获得优惠的供销合同。同时，农民合作社还可以从社员的入社会费中按照一定的比例提取风险基金，对于因自身不可控因素造成农业生产亏损的情形，利用风险基金进行相应补偿。