1521年，西班牙人攻陷阿兹特克帝国的都城特诺奇提特兰，紧随军队来到墨西哥的，是人数众多的传教士。西班牙人不仅用武力控制原住民的行动，还用宗教控制他们的思想，企图全方位接管新大陆的一切。教士们不遗余力地抹杀原住民的文化，烧毁他们的书籍（使玛雅手抄本仅余留4本）；摧毁他们的神庙，将特诺奇提特兰的大神庙整座压在新建的教堂之下；禁止他们的信仰，不让原住民举行仪式崇拜自己的神灵。即便是遭受了如此巨大的浩劫，墨西哥原住民的文化仍未被西班牙殖民者彻底消灭。他们总是能够在夹缝中生存下来，甚至逐渐侵入西班牙人的精神殿堂，在教堂中留下印迹。
诚然，教堂原本是殖民者的工具，但它们也见证了原住民和殖民者文化的融合。经过五六个世纪的纠缠，两种文化已在墨西哥建筑中难解难分。作为每座城市和小镇中最精心营造的建筑，教堂代表着墨西哥殖民时期建筑的最高水平，也成为探讨墨西哥殖民时期历史文化的首要材料。
西班牙教堂的复制品
阿兹特克的首都特诺奇提特兰，本来于1325年在特斯科科湖（Texcoco）的一系列岛屿上建成。西班牙人将其夷为平地，在之上建起墨西哥城。墨西哥城建成后就饱受洪涝灾害的侵袭，西班牙人索性将整个特斯科科湖全部排空。现在墨西哥城东南部的索奇米尔科（Xochimilco）还保留有一小片湿地和运河。原住民依旧在这里从事被称为奇南帕（Chinampa）的人工浮田农业。索奇米尔科湖中栖息着水鸟，运河上行驶着色彩鲜艳的游船，成为环境污染严重又缺水的墨西哥城中的一片世外桃源。墨西哥城建在阿兹特克人的人工岛和排干后的河床上，地基很不稳固。城中经常可以看到东倒西歪的教堂，随着地基的下陷不断倾斜，摇摇欲坠，被后人戏称为“阿兹特克人的诅咒”。
西班牙人于1573年开始，在大神庙之上修建墨西哥城主教座堂，代表对阿兹特克文化的征服。这座如今位于墨西哥城市中心宪法广场北面的教堂，也是墨西哥最大、最古老的主教座堂。
