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天下一统之后，秦始皇面临着政体上的选择：第一个方案是在全天下推行单一的郡县制，第二个方案是至少部分恢复封建制。秦始皇的大臣们向他建议的是第二个方案。

秦始皇二十六年（前221年），天下刚刚一统，丞相王绾马上就提出一个建议，现在秦国版图比原来扩张了数倍，地域太广，无法控制，因此请始皇帝如同周代开国之初那样，分封诸子到各地为王，去镇压各地的反对力量。

此外，在全国范围内推“秦制”，成本太高。六国故地的政治制度和社会风俗与秦国差别很大，为了彻底改造这些地区，秦朝不得不从秦国故地调派大批官吏。“秦吏”工作量超过负荷，六国百姓则付出了更大的代价。“秦制在迁陵县或已开始稳定运行的秦始皇二十八年，当地徒隶和居赀赎债者中每六人便有一个‘死亡’的统计。”

官苦民也苦，这是秦朝大臣普遍主张恢复封建制的主要原因。对此，秦始皇的态度是非常鲜明的。他比任何人都清楚，秦国能从落后的边地崛起，他能一统天下、制御万民，关键就是“郡县制”。因此统一天下后，秦始皇面对巨大的反对声浪，更是坚定地把郡縣制度推广到了全国的每一个角落。

秦始皇不但以铁腕强压官僚系统将郡县制度普及天下，取消六国所有封君，分全国为三十六郡，还为这个制度的强化和细化做了很多工作。他遵循法家的“防范权臣”的理论，在中央政府和地方政权都实行“三权分立”。秦始皇在中央设立丞相、太尉、御史大夫“三公”，分别掌握行政、军事、监察大权，让他们相互制约。在地方上则分设郡守、郡尉和郡监。这三个职务同样可以相互牵制，保证君权独大。

为压制潜在的反对势力，秦始皇又没收民间一切兵器，统一运到咸阳，铸成十二个巨大的“金人”。在全国范围内修建“驰道”：一旦天下哪里出现叛乱，中央派出的军队可以迅速抵达。