《孽海花》的成书过程颇为曲折，版本也较为复杂。最初是金松岑写了前六回，曾朴在此基础上，“一面点窜涂改，一面进行不息，三个月工夫，一气呵成了二十回”（曾朴《修改后要说的几句话》），1905年由小说林社出版发行了二十回本。1907年，曾朴与朋友一起创办《小说林》月刊，第一、二期上刊有他续写的第二十一至第二十四回。1927年，曾朴在上海创办真美善书店，同时发行《真美善》半月刊，陆续刊登了他续写的第二十五至第三十五回。1928年，真美善书店出版曾朴修改过的《孽海花》第一编（第一至第十回）、第二编（第十一至第二十回）。1931年，真美善书店出版《孽海花》第三编（第二十一至第三十回）。后来，真美善书店将三编合在一起出版，即三十回本，这是之后流传的《孽海花》各种版本的基础，包括1959年中华书局上海编辑所出版的三十五回增订本，其前三十回也是真美善书店本。

真美善书店这一系列的版本在文字上存在一些讹误。例如，1941年5月、1944年4月的真美善书店本《孽海花》及1991年上海古籍出版社在三十五回增订本基础上的重排本，其第三回回目均为《领事馆铺张赛花会  半敦生演说西林春》，回目中的“敦”，应作“伦”。该回讲到龚自珍的儿子龚孝琪因为觉得自己“五伦都无”，只爱着小妾褚爱林，但妾“只好算半个伦”，因此取了个别号叫“半伦”。所谓“半伦生”，即龚孝琪；若作“半敦生”，则索解不易。1928年1月11、14日的《申报》上，均刊登了真美善书店为“重修《孽海花》第一、二编”所做的售书广告，所列目录中，第三回回目为《领事馆公开赛花会  半伦生恨说西林春》，“敦”字恰作“伦”。

龚孝琪，原名龚橙，字孝拱，有《诗本谊》传世。《孽海花》流行之后，他以“半伦”为号为人津津乐道。小说里提到他担任英使威妥玛的幕僚，英法联军火烧圆明园是他出的主意，这是当了汉奸，背弃君臣之伦；他“有一个哥哥，向来音信不通；老婆儿子，他又不理”，又喜欢骂人，一般人根本入不了他的法眼，这就又断了兄弟、夫妇、儿女、朋友等人伦关系。