长期以来,化学家们一直梦想着全面了解和掌握生命的化学工具——蛋白质。
而现在,这个梦想已经触手可及。德米斯·哈萨比斯和约翰·江铂成功地利用人工智能预测了几乎所有已知蛋白质的结构。戴维·贝克学会了如何掌握生命的组成元素,并创造出了全新的蛋白质。他们的发现潜力巨大。
生命的化学是如何如此充满活力的
答案是——蛋白质的存在,蛋白质通常由 20 种氨基酸组成,这些氨基酸可以以无数种方式组合在一起。利用储存在 DNA 中的信息作为蓝图,氨基酸在我们的细胞中被连接成长长的链。
然后蛋白质的魔法就发生了:氨基酸链扭曲并折叠成独特的三维结构,这种结构有时是独一无二的。这种结构赋予了蛋白质功能。其中一些成为化学建筑材料,可以创建肌肉、角或羽毛,而另一些则可能成为激素或抗体。许多蛋白质形成酶,这些酶以惊人的精度驱动生命的化学反应。位于细胞表面的蛋白质也很重要,它们充当细胞与其周围环境之间的通信渠道。
生命的化学构建——这20种氨基酸——所蕴含的潜力之大,无论怎样强调都不为过。2024年诺贝尔化学奖就是要在一个全新的水平上理解和掌握它们。
一半奖项授予了德米斯·哈萨比斯和约翰·江铂,他们利用人工智能成功地解决了化学家们50多年来一直在努力解决的问题:从氨基酸序列预测蛋白质的三维结构。这使得他们能够预测几乎所有已知的2亿种蛋白质的结构。
另一半奖项授予了戴维·贝克。他开发了计算机化方法,实现了许多人认为不可能的事情:创造以前不存在的蛋白质,并且这些蛋白质在许多情况下具有全新的功能。
2024 年诺贝尔化学奖表彰的是两项不同的发现,但正如你将看到的,它们之间有着密切的联系。要了解今年的获奖者所克服的挑战,我们必须回顾一下现代生物化学的黎明时期。
自19世纪以来,化学家们就知道蛋白质对生命过程很重要,但直到 20 世纪 50 年代,化学工具才足够精确,研究人员才开始更详细地探索蛋白质。剑桥大学的研究人员 John Kendrew 和 Max Perutz 在 20 世纪 50 年代末取得了突破性发现,他们成功地使用了一种称为 X 射线晶体学的方法,展示了蛋白质的第一个三维模型。他们因这一发现获得了 1962 年诺贝尔化学奖。
随后,研究人员主要使用 X 射线晶体学(通常需要付出大量努力)成功绘制了约 20 万种不同蛋白质的图像,这为 2024 年诺贝尔化学奖奠定了基础。

一个谜题:蛋白质是如何找到其独特结构的
美国科学家 Christian Anfinsen 早在 1961 年就做出了另一项早期发现。他使用各种化学技巧,设法使现有蛋白质展开,然后又折叠起来。有趣的是,蛋白质每次都恢复到完全相同的形状。他得出结论,蛋白质的三维结构完全由蛋白质中的氨基酸序列决定。这使他获得了 1972 年诺贝尔化学奖。
然而,Christian Anfinsen 的逻辑中存在一个悖论,另一位美国人 Cyrus Levinthal 在 1969 年指出了这一点。他计算出,即使蛋白质只由 100 个氨基酸组成,理论上蛋白质也可以采取至少 1047 种不同的三维结构。如果氨基酸链随机折叠,那么找到正确的蛋白质结构需要比宇宙的年龄还要长的时间。而实际上,在细胞中,这个过程只需要几毫秒。那么氨基酸链实际上是如何折叠的呢?
这个悖论表明,蛋白质折叠是一个预先确定的过程。而且——重要的是——蛋白质折叠的所有信息都必须存在于氨基酸序列中。
迎接生物化学的巨大挑战
上述见解导致了另一个决定性的认识——如果化学家们知道蛋白质的氨基酸序列,他们应该能够预测蛋白质的三维结构。这是一个令人兴奋的想法。如果他们成功了,他们就不再需要使用繁琐的 X 射线晶体学,并可以节省大量时间。他们还将能够为所有无法使用 X 射线晶体学获得的蛋白质生成结构。




