日本的奇幻生物多数来自中国，与日本的民间传说以及乡土经验相结合，形成了奇诡艳异的全新体系。奇幻生物通过浮世绘的视觉传播得以深入人心，进而成为广受欢迎的文化符号，至今仍活跃在动漫、游戏、玩具等领域。从浮世绘到当代各种媒介，奇幻生物的载体发生了质的改变，但奇趣的内核仍一以贯之。
在日本的江户时代（1603—1868），中国古籍《三才图会》《山海经》《淮南子》《酉阳杂俎》等流传到日本，其中多有精怪图像。江户时期的浮世绘大师鸟山石燕受到启发，创作了《画图百鬼夜行》《今昔画图续百鬼》《今昔百鬼拾遗》和《百器徒然袋》四册画卷，共绘制怪物图像二百余种，奠定了日本“妖怪学”的基础。今日日本流行的妖怪形象，多出自鸟山石燕的作品。
日本的许多妖怪属于奇幻生物的范畴，其中最为著名的当属河童。按日本学者中野美代子的考证，《西游记》中的沙僧即是河童，两相对照，颇有镜像式的趣味。据说河童如孩童形状，出没在水滨，其头顶有凹陷，里面盛满水时，河童就力大无穷，而水不慎溢出，河童就会失去力量，要想打败河童，就向河童鞠躬，而河童还礼时它头顶凹陷处的水就会洒出来。如此看来，河童还是要受制于狡猾的人类。
究其身世，河童疑即中国南朝志怪小说《幽明录》中的水蝹：“水蝹一名蝹童，一名水精，裸形人身，长三五尺，大小不一，眼耳鼻舌唇皆具，头上戴一盆，受水三五升，只得水勇猛，失水则无勇力。”北魏郦道元的《水经注》也提到了沔水中的怪物：“水中有物，如三四岁小儿，鳞甲如鲤，射之不可入。七八月中，好在碛上自曝。膝头似虎，掌爪常没水中，出膝头。小儿不知，欲取弄戏，便杀人。”还有学者认为，东晋干宝《搜神记》中提到的乌龟精何铜即是河童，二者同音。从这些记载中，可以看出河童有着明显的中国基因。日本河川纵横，河流多数短促且湍急。受到季风影响，夏季的集中降水容易使河水泛滥成灾，形成沼泽湿地，沉溺事故多发，这又为河童故事的流布提供了必要的地理条件，成为妖怪现形的契机。传说河童能把人拽进河里，吃掉人的内脏，这又和溺水事件联系在一起，毕竟河川带走了无辜的生命。
