1940年2月26日，避乱昆明的陈寅恪致信傅斯年：“弟此次之病甚不轻，即心悸心跳，所谓怔忡者是也。”频繁的心悸令他苦倦不堪。医生认为心悸是神经衰弱和脚气病所致，而陈寅恪则以为除此之外尚因“昆明地高”，自己无法适应。1937—1945年，陈寅恪频繁表达了他在恶劣环境下“大病几死”的感受。

陈寅恪给世人的印象是“身体太弱，健康不佳”，在全面抗战期间更是疾痛缠身，以致深感生不如死。心悸是陈寅恪最常提到的症状，曾让他“几死于昆明”。心悸患者常感到心跳强而有力，有时心率快如赛马，心跳剧烈像要从口中跳出，对此陈寅恪曾描述为“心荡”和“因心跳出冷汗”。他一般在夜间入睡前症状明显，以致长期失眠，只能依靠安眠药。

陈寅恪也经常抱怨自己头晕目眩，以致精疲力竭，无法集中精力读书、写长信。只是与心悸相比，陈寅恪对眩晕的表述相对客观简洁。这一症状很可能亦与神经衰弱有关。目眩则可能与用眼过度导致的视力恶化有关。1937年秋，陈寅恪右眼因视网膜剥离而失明。他的左眼则是1944年12月在成都燕京大学任教时失明的。在左眼失明前夕，他曾向朋友感叹：“弟前十日目忽甚昏花……终日苦昏眩，而服药亦难见效，若忽然全瞽，岂不大苦，则生不如死矣。”可见昏眩既是视力衰退的症状，也加剧了他对失明的不祥预感。

消化不良亦困扰陈寅恪多年。1929年，陈寅恪致信傅斯年云：“弟……近复失眠不消化，故亦病废矣。”1937—1945年间，他对这一症状的抱怨更是不胜枚举。浦薛凤亦回忆陈寅恪“胃不甚健”，下午吃点心时需同时服用消化药片，还说“我此刻觉饿，要吃些点心，但如不加消化剂，则晩餐时又不想吃”。一般而言，消化不良或单纯由慢性胃炎引起，亦有可能是神经衰弱所致。其原因虽不能确知，但据以上史料，不消化常与失眠并举，似与神经衰弱关联密切。

经济困难也是陈寅恪深受疾痛纠缠的重要原因。陈寅恪早年家境殷实，早已适应了优渥、舒适且西化的生活。抗战以来，陈氏夫妇和小女美延都体弱多病，尽管得到多方资助，但由于医药支出不菲，家用仍然拮据，生活品质严重下降。二十世纪四十年代以后，通货膨胀，物价飞涨，陈家的经济状况更是每况愈下，陈寅恪不得不与妻子轮流诊治服药，有时甚至只能忍病不治，因此“医药之功或施或辍”，以致“病亦未能全愈”。