梁思成、林徽因一家随中央研究院撤到李庄不久，林徽因和小叔子梁思永就一前一后病倒了，而且都病势凶险，由于缺医少药，生活资料也缺乏，最后都拖到了十分危险的境地。此时，傅斯年伸出了援手，瞒着他们两家，先于1942年4月18日致信朱家骅，向国民政府请求救助。他这样评价梁思成、林徽因和梁思永：“思成之研究中国建筑，并世无匹，营造学社，即彼一人耳（在君语）”，“其夫人，今之女学士，才学至少在谢冰心辈之上”，“思永为人，在敝所同事中最有公道心，安阳发掘，后来完全靠他”。为了帮助林徽因，随后，他于5月13日，先是独自，接着又和李济联名致信朱家骅、杭立武，为“徽因嫂”申请“科学研究协助人员”，请中基会每月给予三百八十元补助，理由是：“林徽因女士，虽非中国营造学社之有给职员，实于营造学社之贡献甚多。思成兄多次旅行之发现，皆林女士之共同工作，其人富于才力，用心深邃，故于营造学社之研究助力甚多也。”甚至不惜用他们帮助陈寅恪来“比附”。最后，他于1942年6月6日竟然直接致信蒋介石呼吁救助，“梁君思成及梁君思永，在近十余年间，皆为中国文化史搜到无上之瑰宝，为国际知名之学人”，“思成之夫人林徽因女士，当代之才女也”，抗战军兴，“在流离颠沛中，工作不辍”，“入川以来，气候不适，肺病复发，已卧床一年又半。徽因女士虽工作亦如其他营造学社社员，但并无独立收入；思成之工作能力虽优，但经济状况至劣，自其夫人病后，已欠债累累，几已无法维持其日常生活”。

这之前，傅斯年还为梁思成申请了中研院历史语言研究所兼任研究员一职，月薪一百元。但梁思成、林徽因并没有揣入自家腰包，而是将其作为营造学社公用经费。以至于傅斯年感叹：“其为人如此，此则使弟数年来坐领参政员公费者有愧色矣。”

1938年9月28日，日军开始对我国大后方昆明进行轰炸。抗战期间，日机轰炸昆明及附近地区共一百四十二次，扣除1941年后的八十多次，1938年第四季度到1940年底共有六十多次。面对日机日益频繁的轰炸，辗转来到昆明的文化机构及其专家学者开始向郊外疏散。中国营造学社此时搬到了麦地村。梁思成一家住在一个名叫兴国庵的小庙里。根据梁再冰此时的部分日记，中央研究院也搬到了这里，傅斯年一家随后也搬了过来。